El embarazo se considera de alto riesgo para todas las mujeres con cardiopatías congénitas cianóticas, como la malformación de Ebstein y no se recomienda para casos con variantes severas.  Existe el riesgo que se formen coágulos sanguíneos, ya que la mujer tiene  tendencia a coagular con más facilidad durante el embarazo. Por lo tanto, ellas tienen el riesgo de presentar un AVC (accidente vascular-cerebral).

En mujeres no tratadas, otros cambios de la circulación sanguínea durante el embarazo, puede aumentar el cortocircuito de derecha a izquierda, por lo que se disminuye aún más la disponibilidad de oxígeno a los tejidos del cuerpo. Esto puede llevar a más complicaciones con el consiguiente riesgo tanto para la madre como para el hijo. Usualmente, los recién nacidos de madres cianóticas tienen un peso menor que el normal, y hay un mayor riesgo de pérdidas fetales y prematuros.

Si la paciente elige continuar con su embarazo, es importante que se mantenga en un estricto control por profesionales en la salud. Usualmente, se recomienda que ella realice la actividad mínima y repose en la cama. Puede que necesite tratamiento con  anticoagulantes y oxígeno-terapia. También, se podría considerar, el parto por cesárea.

La posibilidad de tener un embarazo normal se reduce cuando la paciente presenta arritmias cardiacas, insuficiencia cardiaca derecha y/o cianosis. Sin embargo, las pacientes con Ebstein no tratadas o con cirugías cardiacas exitosas, que no desarrollan síntomas o éstos son leves, pueden tener embarazos y partos sin complicaciones.