El embarazo se considera de muy alto riesgo en pacientes con el complejo de Eisenmenger, y debe evitarse.  La tasa de mortalidad materna, con esta enfermedad, es tan alta como 30-50%.   Si la presión arterial baja súbitamente, o si hubiera pérdida de sangre, pude ocurrir la muerte.  Adicionalmente, tienen mayor riesgo de partos prematuros, abortos espontáneos y óbitos (muertes en el útero).

Después del primer trimestre, los cambios en la circulación provocarán cianosis (color azulado por la baja saturación de oxígeno en la sangre arterial) y un mayor corto-circuito de sangre a través de la comunicación interventricular.  Estos problemas se agravan durante la labor de parto y pueden poner en peligro la vida.

Si la paciente decide continuar el embarazo, en contra del consejo médico, es esencial el control cuidadoso.  Se recomienda mínima actividad y reposo en cama, y puede ser que se prescriban anticoagulantes y oxígeno.  Puede ser que se prefiera la cesárea como la mejor manera de parto.  Después del parto, se recomienda poca actividad física y control médico cuidadoso por unas semanas, para reducir el riesgo de muerte súbita.