Los pacientes pueden tolerar un nivel de actividad moderada, aunque es necesario evaluar regularmente la capacidad de ejercicio con una prueba de esfuerzo antes de establecer límites. Hay que evitar los ejercicios isométricos, como alzar pesas o esquiar en montaña, así como ejercitarse hasta el agotamiento. La persona debe  prevenir la deshidratación. 

Otros factores que hay que tomar en cuenta para determinar los niveles seguros de actividad física son  los efectos que tiene la operación de Fontan en la capacidad funcional  de los pulmones y la anatomía del tórax. Si el paciente recibe warfarina, no debe practicar los deportes de contacto ya que se puede  lesionar seriamente.