La mayoría de los pacientes con enfermedad de Kawasaki se recuperan completamente, y no tienen complicaciones a largo plazo. Sin embargo, aproximadamente 20% experimentarán problemas cardiacos causados por la persistencia y/o cambios progresivos en las áreas débiles o inflamadas de las arterias coronarias. También, las paredes de las arterias coronarias tienden a ser más gruesas y menos flexibles que las normales después de la enfermedad, debido a calcificaciones (endurecimiento de las paredes arteriales) o al desarrollo temprano de ateroesclerosis (depósitos de material graso en las paredes arteriales).

Usualmente, los aneurismas producto de la enfermedad de Kawasaki, disminuyen de tamaño con el tiempo. Las lesiones más pequeñas son más propensas a sanar completamente en comparación con las más grandes. También, es más común que los aneurismas desaparezcan entre menos edad tenga el paciente al momento de la enfermedad.

Los aneurismas que persisten en los adultos tienden a volverse angostos (estenóticos) con el riesgo de obstruirse a través del tiempo. Los aneurismas más grandes pueden contribuir a que haya un flujo irregular de sangre a través de la arteria afectada, lo que puede promover la formación de un coágulo (trombosis). Cualquier estrechez o bloqueo de las arterias coronarias puede llevar a una disminución del flujo de oxígeno al músculo cardiaco, resultando en un infarto al corazón.